Фамилия Учень — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию без всяких суффиксов, в чистом виде. В русской традиции это нетипично: обычно к основе добавляли -ов, -ев, -ин, -ский. А здесь мы видим слово «учень» — то есть человека, который учится, ученика. Но вряд ли предок был просто школьником. Скорее всего, прозвище Учень давали взрослому, который постоянно чему-то обучался, любил читать или, наоборот, был подмастерьем у мастера — «учеником» в ремесле. В старину «учень» означало не только ребёнка за партой, но и любого, кто проходит выучку, осваивает профессию.

По модели образования фамилия тяготеет к украинской или белорусской традиции. Там фамилии без суффиксов встречаются чаще: Коваль, Гончар, Швець. Учень могло возникнуть в среде, где прозвище закрепилось за человеком как основное имя, а потом перешло к детям без изменений. В русских говорах тоже встречались «голые» фамилии, но реже — обычно в среде крестьян или казаков, где паспортная запись упрощалась.

Есть и другая версия, менее вероятная: фамилия могла образоваться от редкого имени Учень — сокращённой формы от Устин или Ульян. Но тогда сохранился бы суффикс принадлежности (Ученин, Ульянов), а его нет. Прямое прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Учень встречается точечно — в основном на юго-западе России и в восточной Украине. В XIX веке носители Учень записаны среди крестьян и мещан Харьковской, Полтавской, Курской губерний. Это подтверждает связь с ремесленной средой: в тех краях было много кузнецов, плотников, сапожников, которые брали учеников. Прозвище Учень могло закрепиться за тем, кто долго ходил в подмастерьях или сам учил других.

Слово «учень» в старом значении — не просто школьник, а «научаемый», «обучающийся». В словаре Даля «учень» — это «ученик, школьник, а также выученик, отданный в науку». Так что предок нынешних Ученей, скорее всего, был человеком, который либо долго учился ремеслу, либо, наоборот, учил других — но прозвище получил именно как «ученик», а не как мастер.