Фамилия Уфилин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка стало основой, но не по самой очевидной схеме. Вопреки первому впечатлению, она, скорее всего, не образована напрямую от названия города Уфа. В русской ономастике фамилии на -ин обычно возникают от основ, оканчивающихся на -а или -я (Уфа → Уфин, а не Уфилин). Двойной суффикс -ил-ин указывает на иную модель: прозвище или именование человека «уфилец» или «уфиля».

Самый вероятный путь: в основе лежит прозвище Уфиля — так в просторечии могли называть выходца из Уфы или Уфимского края. Суффикс -ил- в русских прозвищах нередко придавал оттенок просторечия или уменьшительности (сравните: Козёл — Козлила, Работа — Работила). То есть Уфиля — это «уфимец», «уфимский житель», но в народной, бытовой форме. Затем от прозвища Уфиля по стандартной модели образовалась фамилия Уфилин — «сын Уфили», «из рода Уфили».

Возможна и более древняя, домосковская версия, если отталкиваться не от города Уфа, а от названия реки Уфа (приток Белой). В башкирских и татарских говорах слово «уфа» могло означать «тёмная вода» или иметь иное местное значение. Тогда Уфиля — человек, живший на реке Уфе. Но эта гипотеза менее надёжна, так как для неё нет письменных подтверждений в русских документах XVI–XVII веков.

С точки зрения географии фамилия встречается крайне редко и тяготеет не столько к самой Башкирии, сколько к регионам, куда в XIX–XX веках переселялись уфимские крестьяне: Зауралье, юг Тюменской области, север Казахстана. Это косвенно подтверждает версию о прозвище «переселенец из-под Уфы» — человек, которого на новом месте так и прозвали по прежнему месту жительства.

Социальный состав носителей, судя по архивным данным, — преимущественно крестьяне и мещане. Фамилия не дворянская, не духовная. Она возникла не в канцелярии, а в живой речи: соседи назвали человека Уфилей, а в метрическую книгу записали уже его сына как Уфилина.