Фамилия Упакова — редкий случай, когда вопросов больше, чем ответов. На первый взгляд она выглядит как типичная русская фамилия с суффиксом -ов, но её основа сразу настораживает. В русском языке нет слова «упак» в значении «упаковка» (это позднее заимствование из немецкого через польский, вошедшее в обиход не раньше XIX века). Поэтому связывать фамилию напрямую с упаковщиком или торговцем — ошибка.

Самая правдоподобная версия выводит Упакова из прозвища Упак, образованного от глагола «упакать» или «упаковать». В диалектах русского севера, особенно в архангельских и вологодских говорах, «упакать» означало «упасть», «шлёпнуться», а в переносном смысле — «попасть в беду», «опозориться». Так могли прозвать неловкого человека, неудачника или того, кто постоянно падал. В некоторых говорах «упакой» называли тихого, медлительного человека. Фамилия могла закрепиться за потомками такого человека в форме притяжательного прилагательного: чей? — Упаков, то есть сын Упака.

Менее вероятная, но не исключённая версия — тюркское происхождение. В татарском и башкирском языках есть корень «упак» со значением «мелкий», «крошечный». В этом случае фамилия могла принадлежать обрусевшим татарам или башкирам, получившим русский суффикс -ов при переходе в православие. Однако географически фамилия Упакова встречается в основном в центральных и северных областях России (Костромская, Кировская, Вологодская области), что говорит скорее в пользу славянской диалектной основы.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение. В большинстве случаев оно падает на второй слог: Упа́кова. Если бы ударение стояло на первом (У́пакова), это могло бы указывать на вариант фамилии Упаков от имени Упа — уменьшительной формы от Евпатий или Иупатий, но такие случаи единичны.

Социальный статус первых носителей установить трудно. Судя по прозвищной основе, Упаковы в XVI–XVII веках могли быть крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по личной характеристике предка. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современных справочниках фамилия остаётся малочисленной — её носителей в России не более нескольких сотен человек.