Фамилия Упаева — женская форма от мужской Упаев, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В основе лежит либо личное имя, либо прозвище, причём сразу с двух возможных корней.

Самая вероятная версия — тюркская. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «уп» или «упа», который может означать «основание», «дно» или в переносном смысле «крепкий, устойчивый». Прозвище Упай могли дать человеку основательному, надёжному, «коренному». Фамилии на -ев/-ова в этом регионе образуются по русской модели, но от тюркской основы — так, например, появились Уразовы, Усмановы, Утягановы. География фамилии Упаева (встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири) подтверждает эту версию.

Вторая версия — от русского нецерковного имени Упа, которое могло быть сокращением от Упадыш (упасть, «упавший», «слабый»). В старину такие имена давали как оберег: чтобы обмануть злых духов, ребёнка называли «плохим» словом. Однако эта гипотеза менее убедительна: фамилии от глагольных корней с суффиксом -аев встречаются редко, и в словарях древнерусских имён (например, у С. Б. Веселовского) «Упа» не фиксируется.

Обратите внимание на суффикс -ев. Он указывает на притяжательность: Упаев — «чей?» — сын или потомок Упая. Это типичная патронимическая модель, но с «а» перед суффиксом, что характерно для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й» (Упай → Упаев). В русском языке такие фамилии могли возникать и от прозвищ на -ай (Упай), и от тюркских имён с конечным -ай (Бектай, Каратай).

Однокоренных фамилий немного, но они есть: Упатов (от Упат — возможно, искажённое «опат»), Упин, Упоров. Все они редки, что говорит о локальном бытовании. Упаевы, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище или имя Упай было в ходу. Сословной принадлежности по фамилии не определить — носителями могли быть и крестьяне, и служилые татары, и казаки, так как фамилия встречается в разных социальных группах.

Если у вас есть точное место рождения предков (село, уезд), это может сузить поиск до конкретного диалекта или народа. Без этого — остаётся только тюркская гипотеза как основная.