Фамилия Упаев образована от прозвища Упай. В старину существовало башкирское племя епай (упай). Очевидно, что основатель рода Упаевых получил своё прозвище, будучи выходцем из этого племени. Также не исключено, что он некоторое время жил среди представителей упай. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Упай, со временем получил фамилию Упаев.