Фамилия Упаев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Упаев образована от прозвища Упай. В старину существовало башкирское племя епай (упай). Очевидно, что основатель рода Упаевых получил своё прозвище, будучи выходцем из этого племени. Также не исключено, что он некоторое время жил среди представителей упай. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Упай, со временем получил фамилию Упаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Упаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Упаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.