Фамилия Ушакина — женская форма фамилии Ушакин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Ушака. В основе лежит слово «ухо», но не в прямом анатомическом смысле, а через прозвище Ушак. Так в старину могли называть человека с большими, оттопыренными или просто заметными ушами. Прозвища по внешним признакам были одной из самых распространённых групп в русской антропонимии, и «Ушак» стоит в одном ряду с Губаном, Носом или Лобаном.

Модель образования типичная для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный (-к-) добавляется суффикс притяжательного прилагательного -ин. Ушакин — буквально «сын Ушака» или «человек из рода Ушака». Суффикс -ин указывает на принадлежность, и в северных и центральных областях России такие фамилии встречались чаще, чем на юге, где преобладали формы на -ов/-ев.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ушак» имело и переносное значение — так могли называть не только человека с большими ушами, но и того, кто любит подслушивать, «ушастого» в переносном смысле. Однако это значение вторично и менее вероятно как основа для прозвища — в крестьянской среде скорее цепляли за бросающуюся в глаза внешность.

Фамилия не относится к числу очень редких, но и не массовая. Встречается в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Вятки и Пермской губернии — регионов, где активно бытовали прозвищные фамилии на -ин. Сословно предки Ушакиных скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Ушаков, Ушаковский, Ушатов. Ушаков, кстати, образован от той же основы, но с другим суффиксом (-ов) и распространён гораздо шире — в основном за счёт знаменитого адмирала. Ушакина же осталась в тени, сохранив более архаичную и прямую связь с прозвищем предка.