Фамилия Ушакков — редкий случай, когда двойное «к» в суффиксе не ошибка, а ключ к происхождению. В русской ономастике фамилии на -ов и -ев образуются от основ на согласный, а на -ин — от основ на -а/-я. Форма Ушакков прямо указывает, что в основе лежало слово или прозвище, оканчивающееся на -к: скорее всего, Уша́к или Ушако́.

Самая вероятная версия — прозвище Ушак, то есть человек с большими, торчащими или чуткими ушами. В русских говорах «ушаком» называли и зайца, и человека с острым слухом, и даже болтливого или недоверчивого (навострившего уши). Фамилия образована по модели «чей будешь?» — сын Ушака, то есть Ушаков, но в северных и северо-восточных говорах (вологодские, архангельские, вятские) ударный суффикс -ак нередко давал двойное «к» в фамилии: Уша́к → Уша́кков. Позже написание могли упростить до Ушаков, но исходная форма сохранилась у части носителей.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским именем Ушак (уменьшительное от Ушар, «маленький»). В этом случае фамилия могла принадлежать человеку из татарской или башкирской среды, принявшему православие. Однако русская модель образования (суффикс -ов) и типично северное удвоение «к» склоняют к первой версии.

Фамилия Ушакков географически привязана к регионам, где активно бытовала окающая и цокающая речь: Вологодская, Кировская, Архангельская области. Встречается она редко, и её носители — потомки тех, кого в XVI–XVII веках прозвали Ушаком за заметную особенность внешности или характера.