Фамилия Устюшкова — женская форма фамилии Устюшков. В основе фамилии, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Устюшка. Такое имя могло возникнуть как уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Устин (от латинского justus — «справедливый») или, что встречается реже, от Иустин. В русской народной среде имена часто сокращали и «обкатывали» до простых и звучных форм, и Устюшка — один из таких вариантов. Суффикс -ушк- в данном случае указывает на принадлежность к чему-то родному, близкому, а в фамилиях часто закреплял прозвище по имени отца.

Однако есть и другая, более редкая версия, связанная с географией. Фамилия могла образоваться от прозвища человека, который был родом с берегов реки Юг (Вологодская и Кировская области) или из города Устюжна (ныне Вологодская область). В этом случае основа Устюшк- могла возникнуть как народное, упрощённое название жителя этих мест — «устюжский» со временем превратилось в «Устюшка». Такая модель образования фамилий по месту жительства встречается, но для неё более типичны суффиксы -ский/-ской, а здесь мы видим -ов, что говорит в пользу версии с личным именем.

Суффикс -ов в фамилии Устюшков (а значит, и Устюшкова) указывает на стандартную русскую модель принадлежности: «чей?» — «Устюшков», то есть сын Устюшки. Фамилия недворянская, а крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, образованных от просторечных форм имён. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Кировской областях, что косвенно подтверждает обе версии происхождения. Спор между «именной» и «географической» версиями разрешается в пользу первой, так как суффикс -ушк- в основе указывает на личное имя, а не на топоним.