Фамилия Устюшкин образована по типичной для русского севера и северо-востока модели: основа на «-юшк-» плюс фамильный суффикс «-ин». Вопреки ожиданию, корень здесь не от имени Устин (каноническое Иустин), а от уменьшительной формы Устюшка, Устюша. Такие имена в XVI–XVII веках давали в семьях, где отца или деда звали Устин, но в быту использовали ласкательный вариант. В документах Вологодчины и Архангельской губернии встречаются крестьяне Устюшки — это прямое указание на прозвище или домашнее имя.

Географически фамилия привязана к бассейну Северной Двины и Сухоны. В переписных книгах Сольвычегодского уезда за 1620-е годы упоминаются Устюшкины как крестьянский род, живший на оброке у Строгановых. Связь с городом Великий Устюг здесь вторична: скорее всего, прозвище Устюшка давали пришлому человеку с Устюга, но фамилия закрепилась за потомками, которые уже осели в других местах. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит этот тип к «полуотчествам» — фамилиям, возникшим из уменьшительного имени без дополнительного суффикса «-ов».

Интересная деталь: форма на «-юшкин» встречается реже, чем на «-ушин» или «-устин», поэтому носитель фамилии может проследить родословную именно по северным погостам. В XIX веке Устюшкины числились в основном государственными крестьянами Вологодской и Вятской губерний, реже — мещанами. Дворянских ветвей не зафиксировано, что типично для фамилии, образованной от просторечного имени без патронимического суффикса «-ович».

Написание с буквой «ё» (Устюшкин) не меняет смысла: ударение всегда на втором слоге. Если ваш предок писался как «УстюшкИн», это указывает на южнорусское аканье, но для данной фамилии такое произношение нетипично. Спорных версий происхождения практически нет — корень прозрачен, а альтернативное возведение к тюркскому «устюк» (мастер) лингвистически неправдоподобно из-за отсутствия такой лексемы в тюркских языках.