Фамилия Устюгин — один из тех случаев, когда географическое название легло в основу фамилии напрямую, без посредников в виде имени или прозвища. Корень здесь — «Устюг». Великий Устюг, город на севере Вологодчины, известен с XIII века. Но важная деталь: фамилия образована не от полного названия города, а от его краткой, обиходной формы — просто «Устюг». Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «Устюгин», то есть «сын человека из Устюга» или «человек, живущий у Устюга».

Словообразовательная модель проста и прозрачна: топоним Устюг + суффикс -ин. Это типичная «географическая» фамилия, каких много в русском ономастиконе (Москвин, Тверитин, Рязанов). Однако есть важный нюанс: суффикс -ин, а не -ов. В северных и поморских говорах, где и бытовала фамилия, притяжательные прилагательные от названий городов чаще образовывались именно с помощью -ин: «Устюгин», а не «Устюгов». Последний вариант тоже встречается, но реже и, скорее всего, позднего, книжного происхождения. Таким образом, фамилия Устюгин — маркер северного, вологодского или архангельского происхождения предка.

Версия, что фамилия могла произойти от прозвища «Устюга» (некоего человека, который говорил «устюжским» говором или торговал с Устюгом), тоже имеет право на существование, но менее вероятна. Обычно прозвища от названий мест давали пришлым: «устюжанин» → «Устюга» → «Устюгин». Но в данном случае проще предположить, что предок был выходцем из самого Устюга или его окрестностей и получил фамилию по месту, откуда пришёл, без промежуточного прозвища.

Фамилия не относится к числу дворянских или распространённых в центральных губерниях. Это фамилия крестьянская, посадская или купеческая, характерная для Русского Севера. В переписях XVII–XVIII веков Устюгины фиксируются именно в Вологодской и Архангельской губерниях. Позже, с отходничеством и переселениями, фамилия разошлась шире, но её «северный» след остаётся основным. Никаких сложных этимологических загадок здесь нет — перед нами чистый случай топонимической фамилии с чёткой региональной привязкой.