Фамилия Уйкова — женская форма фамилии Уйков, и её разбор стоит начать с необычного корня. В русских фамилиях на -ов/-ев основа чаще всего ясна: от имени, профессии или прозвища. С Уйковым сложнее. Самое вероятное объяснение — основа «уй» восходит к тюркскому слову со значением «дом», «жилище» (ср. татарское «өй», башкирское «йорт»). В этом случае фамилия могла означать «домосед» или «хозяин дома», а возможно, и указывать на конкретное место жительства — например, на починок или деревню, где стоял «уй» (одинокий дом). Менее распространённая версия связывает её с диалектным словом «уй» в значении «зять, муж сестры» — такое прозвище могли дать человеку, пришедшему в семью со стороны жены.

Модель образования типична для русского Северо-Востока и Поволжья: суффикс -ов присоединился к прозвищу или мирскому имени Уйко (с уменьшительным суффиксом -к-). В документах XVI–XVII веков на Вятке и в Пермском крае встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Уй, Уйко — это подтверждает бытование фамилии именно в этих регионах. География подсказывает и социальный состав: Уйковы — в основном крестьяне и мещане, реже — духовенство. Дворянского рода с такой фамилией не зафиксировано.

У фамилии есть редкая особенность: в некоторых говорах ударение падает на первый слог — У́йков, что указывает на северное происхождение (вологодские, архангельские говоры). В остальных — на второй, Уйко́в, что сближает её с фамилиями от тюркских заимствований. Встречаются и варианты написания: Уйков, Уйкова, Уйковский (последний — след украинской или польской адаптации). Однокоренные фамилии — Уйкин (от «уйка» — ласковое обращение к зятю) и Уйменов (от «уймен» — домохозяин в тюркских языках).

Таким образом, Уйкова — фамилия с двойным дном: она может нести и тюркский след «домоседа», и древнерусское прозвище «зятя». Но первая версия выглядит убедительнее из-за устойчивой географической привязки к зонам русско-тюркского пограничья — Прикамье, Башкирия, Татарстан.