Фамилия Вачиковы — редкий пример армянской родовой фамилии, записанной со славянским суффиксом. Её основа — армянское имя Вачик, которое восходит к персидскому корню «ваче» (детёныш). От того же корня образованы древние армянские имена Вачех и Вачаган, причём имя Вачик встречается в источниках начиная с I века.

Словообразовательная модель здесь двойная. Внутри армянской традиции имя Вачик, как и другие личные имена, служило родовым прозвищем: «Вачиков» первоначально означало «из рода Вачика» (в армянском языке такую функцию выполняет формант, называемый «азганун» — имя клана). А суффикс -ов — уже славянский, он появился из-за контактов с русской административной системой, когда армянские фамилии адаптировали под привычные русские окончания.

Вопреки распространённому мнению, многие армянские фамилии такую русификацию прошли, но Вачиковы — случай иной. Фамилия сохранила узнаваемую армянскую основу, не превратившись в чисто русскую форму. Это говорит о том, что её носители, вероятно, долго жили в среде, где родовая память ценилась выше бюрократического единообразия, или же фамилия закрепилась в поздний период, когда процесс русификации уже ослаб.

Географически фамилия тяготеет к Закавказью, но точных данных о сословной принадлежности предков нет. Можно предположить, что Вачиковы не относились к высшей армянской знати (княжеским родам на «-ян» и «-унц»), а были либо крестьянского, либо ремесленного происхождения — в таких средах чаще и сохранялись «азганун»-основы с русским окончанием.