Фамилия Вачковы, как и большинство русских фамилий на -ов, произошла от имени или прозвища родоначальника. В основе лежит имя Вачко — уменьшительная форма от церковного имени Василий. В переводе с греческого «Василий» означает «царский», «царственный». Небесным покровителем этого имени считается Василий Великий, архиепископ Кесарии Каппадокийской, богослов, которому приписывают составление одного из чинов литургии. Таким образом, Вачковы — это потомки человека, которого в быту звали Вачко, то есть Вася.

Существует и другая, менее распространённая версия, которая связывает фамилию с белорусским словом «вочы» — глаза. В этом случае прозвище Вачок могли дать человеку с большими, выразительными глазами или острым зрением. Однако первая версия — от имени Василий — выглядит более правдоподобной, поскольку модель образования фамилий от производных форм крестильных имён (Вачко из Васька) типична для славянской ономастики.

Болгарское происхождение имени Вачко указывает на возможный южнославянский след в истории фамилии. Учитывая, что в России фамилии с основой «Вачк» встречаются не так часто, как, например, «Васьковы» или «Васильевы», можно предположить, что предки Вачковых могли быть выходцами с Балкан или из регионов, где славянские диалекты сохраняли форму «Вачко». Среди известных носителей — Игорь Викторович Вачков, доктор психологических наук, что подтверждает бытование фамилии в современной научной среде.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления родовых имён шёл несколько столетий. Однако ясно одно: фамилия Вачковы сохранила в себе древнюю народную форму имени, которое прошло путь от греческого «царя» до ласкового деревенского прозвища.