Фамилия Вагон в русском контексте — случай скорее редкий и неочевидный. Вопреки первому впечатлению, её происхождение не связано с железной дорогой или телегой в прямом значении. Слово «вагон» пришло в русский язык из французского (wagon) лишь в XVIII—XIX веках, когда фамилии у крестьян и мещан уже в основном сложились. Поэтому основная масса носителей фамилии Вагон получила её не от профессии вагонщика или извозчика.

Куда вероятнее, что перед нами прозвище, образованное от диалектного или иноязычного корня. В южнорусских и украинских говорах «вагон», «вагонити» могло означать «медлить», «тянуть», «волочить». Прозвище Вагон могли дать человеку неторопливому, вялому или, наоборот, тому, кто постоянно откладывал дела. Возможна и связь с тюркскими языками, где «вагон» (или близкое «баган») — это столб, подпорка, что могло стать прозвищем высокого и прямого, как жердь, человека.

Словообразовательная модель проста: фамилия бессуффиксная, то есть застывшая форма прозвища или имени. Такие фамилии (Мороз, Шум, Гром) типичны для украинской и белорусской традиции, где отчество или прозвище часто не получали типовых суффиксов -ов/-ев. В русской среде Вагон могла возникнуть как «окающая» форма от украинского Вагон а, но это уже вторично.

Встречается фамилия в основном на западе России, в Смоленской, Брянской областях, а также в Беларуси и на Украине. В документах XVII века можно найти единичные упоминания, но массового распространения она не получила. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Вагон не фигурирует, что подтверждает её локальный и нестандартный характер.

Таким образом, если ваши предки носили фамилию Вагон, они, скорее всего, происходили из западнорусских или украинских земель, а их прозвище могло указывать либо на медлительный нрав, либо на высокий рост. Никакой связи с поездами здесь нет — это чистое совпадение звучания с заимствованным словом.