Фамилия Вагонов образована от прозвища Вагон. Оно, вероятнее всего, восходит к слову «ваган», которое имеет несколько значений например: «корыто, деревянная миска, широкое, плоское блюдо, определённая мера». Это даёт основание полагать, что человек, который имел такое прозвище был мастером, который изготавливал такую посуду или знал меру во всём то есть был весьма разумным человеком. Так, в ярославских говорах существительное «ваган» определялось как «вахлак, простой крестьянин, мужик». Эта версия представляется менее правдоподобной ввиду того, что нарицательное со значением «мужик» вряд ли могло идентифицировать человека, указать на его отличительные признаки, выделить его среди других крестьян-мужиков. Так и прозвище Вагон закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Вагонов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вагон, со временем получил фамилию Вагонов.