Фамилия Вагуфова — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии, хотя географически она тяготеет к регионам, где веками жили народы Поволжья и Кавказа. Женская форма Вагуфова указывает на то, что мужской вариант — Вагуфов, а значит, фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к основе Вагуф. Вопрос в том, что значит эта основа.

Самая вероятная версия выводит корень из арабского языка, где «вагуф» (вакуф) означает имущество, переданное на благотворительные или религиозные цели, — нечто вроде вклада или пожертвования. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это слово закрепилось как личное имя или прозвище, которое могли дать человеку, связанному с управлением таким имуществом, либо просто как пожелательное имя. Тогда фамилия Вагуфова означает «потомок Вагуфа», то есть человека, которого назвали в честь этого понятия.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с арабским «вагф» (остановка, пауза), но в ономастике такой переход встречается реже. Важно, что фамилия не имеет славянского корня — ни «вага» (весы), ни «вага» (важный) здесь не работают, так как суффикс -ув не характерен для русских прозвищ.

Из-за редкости фамилии точных данных о её сословной принадлежности или географии нет, но носители Вагуфовой встречаются в Татарстане, Башкортостане и среди азербайджанцев — это подтверждает тюрко-мусульманское происхождение основы. Фамилия не попала в массовые справочники, что делает её особенно ценной для семейной истории: скорее всего, предки были сельскими жителями или служителями при мечети, а не дворянами.