Фамилия Вахатовы (в мужском роде — Вахатов) образована от имени собственного. В её основе лежит имя Вахат — разговорная, обиходная форма крестильного имени Вахтисий. Само имя Вахтисий имеет персидские корни и переводится как «счастливый». Соответственно, именование Вахат в народе закрепилось за человеком, который носил это редкое церковное имя, а его потомки со временем получили фамилию по отцу — Вахатовы.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия типична для русского ономастикона: к основе на твёрдый согласный (Вахат-) добавляется патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вахата). Такая модель была самой распространённой в центральной России и Поволжье.

Примечательно, что имя Вахтисий в святцах встречается нечасто, поэтому фамилия Вахатовы не получила массового распространения. Она относится к числу относительно редких, что делает её своеобразным маркером: носители такой фамилии, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где имя Вахат передавалось по традиции. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно, но сам факт сохранения разговорной формы церковного имени указывает на глубокие корни в славянской среде.