Фамилия Вахатова — женская форма фамилии Вахатов. Её основа восходит к мужскому личному имени Вахат, которое в свою очередь является производной формой от арабского имени Ваххаб (Ваххаб) — «дарующий», «одаряющий». В тюркских языках, особенно у татар, башкир и народов Кавказа, имя Вахат (иногда в форме Ваххат) бытовало как самостоятельное или как сокращение от Ваххаб, что типично для региональной адаптации арабских имён.

Модель образования фамилии проста: к основе Вахат- добавлен русский патронимический суффикс -ов, который в тюркской среде стал универсальным способом оформления фамилий по русскому образцу. Суффикс -а в окончании указывает на принадлежность женщине (дочери или жене Вахата). Таким образом, первым носителем фамилии был человек, которого в быту звали Вахат, а его потомки закрепили это прозвание как родовое.

Географически фамилия Вахатова наиболее характерна для татарской и башкирской ономастики, встречается также у чеченцев и ингушей. У кавказских народов имя Вахат могло быть вариантом имени Ваха, которое имеет собственное значение — «живи», «будь здоров», но в фамилию перешло через ту же модель. Спор между арабским и местным происхождением корня решается в пользу арабского, так как имя Ваххаб широко распространено в исламском мире, а форма Вахат — его закономерное сокращение в разговорной речи.

Среди однокоренных фамилий — Вахапов, Вахов, Вахин, Вахатов. Отличие Вахатовой в том, что она сохранила более архаичную форму основы без дополнительных суффиксов, что указывает на прямое именование по отцу, а не по прозвищу или профессии. Социально предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, так как фамилии на -ов у татар и башкир закрепились в основном в XIX веке при массовой паспортизации, когда фиксировали имя отца. Дворянских корней у фамилии нет.