Фамилия Вахновецкий — это типичная «географическая» фамилия, указывающая на выходца из конкретного места. Её основа — прозвище Вахновец, которое давали человеку, переселившемуся из села с названием Вахновка или Вахновцы. Оба топонима встречаются на территории современной Украины: Вахновка есть в Винницкой области, а Вахновцы — в Хмельницкой. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был уроженцем одного из этих сёл.

Сам топоним Вахновка, вероятно, произошёл от имени или прозвища Вахно — так могли звать основателя или первого владельца селения. Имя Вахно — это уменьшительная форма от нескольких крестильных имён. Самое вероятное из них — Варфоломей (в переводе с греческого «сын вспаханной земли», восходящее к арамейскому Бар-Телеми). Реже в основе могут лежать редкое имя Вахтисий (персидское, означает «счастливый») или распространённое Василий (от греческого «царь, властитель»).

Есть и другая версия происхождения прозвища Вахно — не от имени, а от нарицательного слова «вахня» (или «вахна»). Так на севере России называли рыбу из семейства тресковых. В этом случае прозвище могло относиться к рыбаку или просто к человеку с какой-то «рыбьей» чертой характера или внешности. Эта версия менее популярна, но имеет право на существование, тем более что родственные именования фиксируются в исторических документах начиная с XVII века: например, томский конный казак Иван Вахня (1649 год), крестьянин Ивашко Вахна (1684 год) или Митрофанко Иванов сын Вахнев (1623 год) с реки Камы.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ецкий (вариант -ский): Вахновец + -кий. Такие фамилии в славянской традиции чаще всего указывали на дворянское или шляхетское происхождение, но на практике закрепились и за крестьянами, и за казаками, переселявшимися из одной местности в другую. В современном написании фамилия может встречаться как Вахновецкий или Вахновецкая, а её польский вариант — Wachnowiecki. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но процесс её закрепления шёл на протяжении нескольких столетий, и сегодня она остаётся памятником славянской ономастики, связывающим носителя с конкретным уголком Подолья или Волыни.