Фамилия Вахновская — женская форма фамилии Вахновский. Её основа — географическое название или прозвище. Скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта: деревни Вахновка в Винницкой области Украины или села Вахновцы в Хмельницкой области. Такие «топографические» фамилии на -ский/-цкий обычно получали дворяне или духовенство по названию своего поместья или места служения, а также выходцы из этих мест, переселившиеся в другие регионы.

Сам топоним Вахновка восходит к личному имени Вахно. Это уменьшительная форма нескольких крестильных имён: Варфоломей (с арамейского — «сын вспаханной земли»), Вахтисий (персидское — «счастливый») или Василий (греческое basileus — «царь, властитель»). Впрочем, не исключено, что в основе лежит прозвище Вахно от слова «вахня» — рыба семейства тресковых. Подобные прозвища на Руси давали по внешности или роду занятий.

Исторические документы фиксируют родственные именования с XVII века: томский конный казак Иван Вахня (1649 г.), Ивашко Вахна (1684 г.), крестьянин Митрофанко Иванов сын Вахнев из деревни на Каме (1623 г.). Это показывает, что имя-прозвище было распространено в разных слоях общества. Потомок человека по прозвищу или из рода Вахновских со временем закрепил за собой фамилию Вахновская.