Фамилия Вакова — это женская форма, а её основа — мужское прозвище Вак. Слово «вак» встречается в нескольких языках, и у каждой версии своя логика. В татарском «вак» значит «мелкий»: так могли назвать невысокого человека. В венгерском языке прозвище Вак давали слепому. Чешское слово vak переводится и как «промысел», и как «мех», «торба» — отсюда две возможные ветки: Ваком могли прозвать ремесленника, скорняка-шубника либо, по ассоциации с объёмом, полного человека.

Есть и чисто русская версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В диалектах бытовал глагол «вакать» — болтать вздор, молоть чепуху. Если прозвище пошло от него, то основатель рода Ваковых был говорлив и не прочь приукрасить рассказ небылицами. Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов- присоединился к прозвищу Вак, образовав типичную русскую фамилию, которая закрепилась за потомками. Какая из версий верна для конкретной семьи — вопрос географии и семейных преданий, но все они укладываются в логику прозвищ, которые давали по внешности, занятию или характеру.