Фамилия Ваков — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса и его неожиданного поведения. В большинстве русских фамилий на -ов ударение падает на суффикс (Петро́в, Ивано́в) или на основу (Смирно́в — исключение). Фамилия Ваков, если произносить её с ударением на первый слог — Ва́ков, сразу выбивается из ряда. Такое ударение — верный признак того, что перед нами либо искусственная, книжная фамилия (из семинарской среды, где любили латинизированные или грецизированные формы), либо фамилия, образованная от краткого прилагательного или прозвища, где ударение осталось на корне.

Самая вероятная версия — отчество от прозвища или имени Вак. Вак — это не полное имя, а усечённая форма от канонического имени Вакх (в честь античного бога виноделия, известного в православии как святой мученик Вакх). В народной среде такие сокращения были обычны: Вак вместо Вакх, как Ваня вместо Иван. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Вака». Фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где греческие имена давали при поступлении в семинарию, но не исключено, что и в крестьянской среде — если имя Вак бытовало как самостоятельное.

Вторая, менее распространённая версия — топонимическая. Фамилия могла произойти от названия населённого пункта вроде Ваково (такие деревни есть, например, в бывшей Вологодской губернии). Тогда Ваков — это «выходец из Ваково». Но здесь важно ударение: если фамилия от названия села, оно скорее было бы Вако́в (с ударением на последний слог), как Тамбо́в или Росто́в. Ударение Ва́ков указывает на отчество, а не на топоним.

Любопытная деталь: фамилия Ваков не встречается в списках массовых русских фамилий (например, у Унбегауна в «Русских фамилиях» она не упоминается как распространённая). Это редкая форма, и её носители, скорее всего, сосредоточены в нескольких регионах — возможно, в центральной России или на севере, где дольше сохранялись архаичные прозвища. По сословной принадлежности предки могли быть как крестьянами (если имя Вак бытовало в деревне), так и священниками (если фамилия семинарская).

Таким образом, Ваков — это «сын Вака», где Вак — либо сокращение от Вакх, либо самостоятельное прозвище. Фамилия редкая, с нестандартным ударением, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска: если вы Ваков, стоит проверить метрические книги по Тверской, Ярославской или Вологодской губерниям — там могли записать имя Вакх или его просторечную форму.