Фамилия Ваькова — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает произношение. На первый взгляд читается как «Ваькова», но в живой речи носители обычно говорят «Ваёва» или «Ваева»: буква «ь» здесь не смягчает предыдущий согласный, а указывает на йот между гласными «а» и «о». Такая орфография — следствие старой или диалектной передачи звука [jo] (ё) после гласной, когда «ь» выполняла роль разделительного знака, а буква «ё» не использовалась. Поэтому исходная форма фамилии, скорее всего, звучала как Ваёков или Ваев.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Вай, Вая, Ваёк. В русских говорах слово «вай» (или «ваять») могло означать «крикун», «плакса» (от звукоподражания «вай-вай») либо «вялый, медлительный человек» (сравните с диалектным «вайкать» — медлить, мешкать). Есть и другая версия: в некоторых регионах «вай» называли ткацкий челнок или деталь прялки, так что предок мог быть ткачом или ремесленником, работавшим с таким инструментом.

Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на типичную русскую модель образования от мужского прозвища: Ваёк → сын Ваёка → Ваёков. Встречается написание через «е» (Ваеков) или с двойным «а» (Ваакова), но форма с «ь» — самая архаичная и редкая. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к Вологодчине и Костромской земле, где в диалектах сохранялось произношение с отчетливым йотом.

Сословного барьера у Ваьковых не было: фамилия могла возникнуть и у крестьянина, прозванного за характер, и у мастерового, получившего уличное имя по инструменту. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища встречаются в писцовых книгах, но сама фамилия в современной записи осталась штучной — найти ее обладателей можно скорее в глубинке, чем в крупных городах.

Если ваша фамилия пишется именно так, через «ь» перед «о», — это почти наверняка указание на старую местную традицию произношения, которую позже закрепили в паспорте. В быту же вы, вероятно, слышите себя как Ваеву или Ваёву, а бумажная форма хранит память о том, как говорили предки.