Фамилия Ванья — редкий случай, когда вопросов больше, чем ответов. Она не вписывается в типичные русские модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу заставляет искать неочевидные корни. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а вариант, возникший на стыке культур или в результате адаптации иноязычного имени.

Самый прямой путь — от краткой формы крестильного имени Иван. В диалектах и просторечии «Ваня» могло звучать как «Ванья» (с мягким окончанием). Тогда фамилия Ванья — это патроним, но оформленный не привычным суффиксом, а по модели, характерной для западных и южных славян. В польском, белорусском или украинском языках фамилии, образованные от имени без дополнительного суффикса, встречаются часто: Ваня, Ваньо, Ванья. Если предок был из западных губерний Российской империи или с Украины, фамилия могла закрепиться именно в такой форме.

Есть и другая версия, менее очевидная. В коми-пермяцком языке «вань» означает «маленький», «младший», а «ванья» — «малыш». Учитывая, что фамилия встречается в Пермском крае и в Удмуртии, вполне вероятно, что она возникла как прозвище по росту или возрасту. В таком случае Ванья — не славянский патроним, а местное, финно-угорское по происхождению прозвище, которое позже стало фамилией. Эта гипотеза объясняет и необычное окончание, и географию распространения.

Третья, более экзотическая возможность — связь с цыганским именем Ванья (Ваня), которое тоже восходит к Ивану, но могло попасть в русскую среду через цыганские таборы. Однако для такого вывода нужны документальные подтверждения, которых пока нет.

В любом случае, фамилия Ванья недвусмысленно указывает на личное имя или прозвище предка. Если ваши корни — из центральной России, скорее всего, это упрощенная запись фамилии Ваньин или Ваньев, которую кто-то из писарей «обрезал». Если же семья родом с Урала или из Поволжья, стоит присмотреться к финно-угорской версии.