Фамилия Ванюховы (в традиционной мужской форме — Ванюхов) образована от производной формы крестильного имени. В основе лежит имя Ванюх — один из многочисленных вариантов имени Иван (каноническая церковная форма — Иоанн). Имя Иван восходит к древнееврейскому Йоханан, что означает «Бог смилостивился», «милость Божья». Таким образом, родоначальник Ванюховых — это человек, которого в быту звали уменьшительно-ласкательным именем Ванюх.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный. Если бы основой послужило имя Ванюха (с окончанием -а), фамилия звучала бы как Ванюхин. Форма Ванюхов указывает на то, что исходное имя Ванюх было мужским. В старину такие сокращённые имена (Ванюх, Ванютя, Ванята) не считались грубыми или просторечными — они были обычными домашними именами, которые в документах могли соседствовать с полным церковным именем.

С точки зрения словообразовательного разбора, фамилия Ванюхов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Ванюков, Ванюшин, Ванютин. Все они — «патронимы», то есть фамилии, указывающие на отца: Ванюхов буквально значит «сын Ванюха». Процесс закрепления фамилий в русских семьях занял несколько столетий, и точную дату, когда конкретный Ванюх стал Ванюховым, установить невозможно. Однако ясно, что фамилия закрепилась не позднее XVII–XVIII веков, когда патронимические фамилии на -ов стали массово передаваться по наследству.

В некоторых говорах имя Ванюх могло приобрести дополнительный оттенок — так на Русском Севере иногда называли не только Ивана, но и любого мужчину с определёнными чертами характера, но это скорее исключение. Основная версия остаётся прозрачной: фамилия Ванюхов — типичный русский патроним, образованный от народной формы популярнейшего на Руси имени.