Фамилия Ванюхина образована от имени Ванюха — народной, разговорной формы имени Иван. Иван, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн, что в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В русской деревне имя Иван было одним из самых распространённых, а его уменьшительные варианты (Ваня, Ванюха, Ванюша) дали жизнь десяткам фамилий.

Словообразовательная модель проста: к основе Ванюх- добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Ванюхин, то есть сын Ванюхи. Такое окончание типично для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где отчество на -ин было нормой (ср. Пушкин, Кузьмин). Скорее всего, основатель рода Ванюхиных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником.

Интересно, что форма Ванюха имеет не просто ласкательный, а скорее фамильярно-бытовой оттенок: так могли звать в семье или в кругу соседей. В отличие от более «официального» Иванова, фамилия Ванюхина несёт отпечаток живой народной речи. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, где суффикс -их-/-ых в именах был особенно активен.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ванюшин, Ванеев, Ваньков, — Ванюхина выделяется именно этим суффиксом, который придаёт основе отчётливый разговорный колорит. Таким образом, потомок человека по имени Ванюха со временем получил фамилию Ванюхина, и сегодня она хранит память о своём непритязательном, но живом корне.