Фамилия Ванюхин образована от имени Ванюха — просторечной, обиходной формы одного из самых частых на Руси имён — Иван. Каноническая церковная форма этого имени — Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья» или «Яхве (Бог) смилостивился». Имя Иван было настолько распространено, что породило множество производных и уменьшительных вариантов: Ваня, Ванюша, Ванятка, Ванюха. От последнего и пошла фамилия Ванюхин.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Ванюхин буквально означает «сын Ванюхи» или «потомок Ванюхи». Суффикс -юх- (как в именах Матюха, Титюха) характерен для северных и северо-западных говоров, где такие формы считались ласковыми или фамильярными, но не пренебрежительными. Это добавляет фамилии региональный оттенок: её носители, скорее всего, имеют корни из тех мест, где говорили «Ванюха», а не «Ванька» или «Ванятка».

В отличие от фамилий на -ов (Иванов), которые образованы от полной формы имени, Ванюхин стоит в ряду «домашних», патронимических фамилий. В XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, именно такие формы нередко давали человеку в быту, а затем они переходили к детям уже как наследственное родовое имя. Поэтому предок носителей фамилии Ванюхин мог быть не просто Иваном, а именно Ванюхой — так его звали в семье или в деревне.

Других версий происхождения у фамилии нет: корень здесь однозначно антропонимический, без связи с ремёслами, прозвищами или географическими названиями. Встречается фамилия повсеместно, но чаще — в регионах, где было сильно влияние новгородских и вятских говоров. Сословных ограничений не было: Ванюхиными могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы — имя Иван не давало привилегий, а фамилия лишь фиксировала его обиходный вариант.