Фамилия Вапилин — одна из тех, где ясна модель образования, но спорна основа. Она принадлежит к самому распространённому в русской антропонимии типу: притяжательные фамилии на -ин, которые образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Вапила. Вопрос в том, что это слово означало.

Вероятнее всего, Вапила — это вариант имени или прозвища, связанного с глаголом «вапить». В древнерусском языке «вапить» значило «красить», «окрашивать», а также «белить». Отсюда «вапь» — краска, белила. Соответственно, Вапилой могли назвать маляра, красильщика, белильщика — человека, который занимался окрашиванием тканей, стен или, например, холстов. Прозвища по ремеслу — один из самых частых источников русских фамилий, и эта версия выглядит естественной.

Есть и другая, менее убедительная гипотеза, что в основе лежит диалектное слово «вапа» — «лужа», «топь», «болотистое место». В таком случае прозвище Вапила мог получить человек, живший у болота или на сырой низине. Однако слово «вапила» в значении «житель болота» нигде не зафиксировано, а связка с глаголом «вапить» и производными от него «вапня» (известковый раствор), «вапница» (яма для гашения извести) встречается в говорах и документах. Поэтому версия с ремеслом предпочтительнее.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном на востоке европейской части России, в Поволжье и Приуралье, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение: в этих краях активно селились переселенцы из центральных областей, и фамилии-прозвища там нередко закреплялись в более архаичной форме.

Примечательно, что в фамилии сохранился суффикс -ин, а не -ов, что указывает на основу мужского рода с окончанием -а. Такие фамилии часто образовывались от имён или прозвищ, которые сами по себе были уменьшительными или уничижительными: Вапила, как и Гуляйло, Бурмила, Косолапа. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был не просто красильщиком, а носил прозвище Вапила — и оно стало родовым именем.