Фамилия Вардашкин — редкий случай, когда суффикс -кин не указывает на прямое родство с матерью или женой, а образован по особой модели. В русских фамилиях суффикс -ин/-ын обычно присоединяется к основе на -а/-я, а -ов/-ев — к основе на согласный. Но здесь мы видим основу «Вардашк-» и суффикс -ин. Это говорит о том, что исходное прозвище или имя оканчивалось на -а: Вардашка. А оно, в свою очередь, — уменьшительная форма от канонического имени Варда или Вардан.

Корень фамилии восходит к армянскому имени Вардан (или Варда). В армянской традиции Вардан — распространённое мужское имя, означающее «дар» или «награда». В русскую среду оно попало через контакты с армянами, особенно в южных регионах и на Кавказе, а также через купеческие и ремесленные связи. В русском быту имя Вардан могли переделать в просторечное Варда, а от него образовать ласкательную форму Вардашка — так, как из Иван делали Ивашка, а из Гаврила — Гаврилка. Фамилия Вардашкин буквально значит «сын Вардашки» или «человек из рода Вардашки».

Географически фамилия тяготеет к югу России — Ростовской области, Ставрополью, Краснодарскому краю, где исторически сложились крупные армянские общины. Встречается она и в центральных областях, но редко. В дореволюционных переписях носители Вардашкиных числились в основном среди мещан и государственных крестьян, что неудивительно: фамилия недворянская, образована от уменьшительной формы, а не от полного имени.

Ошибочно связывать Вардашкина с тюркским словом «вардак» (утка) или русским диалектным «варда» (шум, суета). Эти версии лишены морфологической поддержки: суффикс -кин в таком случае был бы невозможен, так как тюркские основы на согласный давали бы Вардаков. Единственная непротиворечивая версия — армянское происхождение через имя Вардан.

Фамилия не имеет отношения к варягам, варке или каким-либо ремёслам. Её носитель, скорее всего, потомок армянина, обрусевшего в XVII–XIX веках, чьё имя в быту сократили до домашнего Вардашка.