Фамилия Вардия — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому искать её корни в прозвище «Вардя» или имени «Вард» не стоит. Скорее всего, перед нами фамилия грузинского происхождения, где -ия — типичный фамильный суффикс, указывающий на принадлежность к роду или местности (как в фамилиях Гегия, Кварацхелия, Гулия). Основа «Вард» в грузинском языке означает «роза» (варди). Таким образом, Вардия могла означать «розовый», «относящийся к розе» или быть производной от личного имени Варда, Вардо. В грузинской антропонимике это имя встречается и как мужское, и как женское, хотя сейчас чаще ассоциируется с мужским.

В Грузии фамилия Вардия распространена в основном в западных регионах, особенно в Гурии и Самегрело. Там же встречается и её вариант — Вардиа. В русском контексте фамилия могла появиться при заселении черноморского побережья Кавказа в XIX–XX веках, когда грузины переселялись в города Российской империи. В советское время носители фамилии могли оказаться в других республиках и регионах, но это уже вторичная миграция.

Есть и менее вероятная гипотеза — что Вардия восходит к тюркским корням, где «вар» означает «есть, имеется», а «дия» — «суд, закон». Но это спорное построение: для тюркских фамилий суффикс -ия нетипичен, и грузинская версия выглядит убедительнее. В любом случае, носителю фамилии стоит искать предков среди выходцев с Кавказа, а не в центральной России.