Фамилия Варганишева — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее этимологии. Основная масса носителей этой фамилии исторически сосредоточена на Русском Севере: в Архангельской и Вологодской областях, а также в Сибири, куда северяне переселялись в XVII–XVIII веках. Это сразу подсказывает, что корень фамилии — не привозной и не книжный, а местный, диалектный.

В основе фамилии лежит прозвище Варга́н или Варга́ня. В северных говорах «варганить» означало «шуметь, греметь, стучать», а также «делать что-то наспех, кое-как» или, наоборот, «изготовлять, сочинять» (ср. «варган» — музыкальный инструмент, издающий дребезжащий звук). Человек с таким прозвищем мог быть либо шумным, суетливым, либо мастеровитым — тем, кто «варганит» (мастерит) по дому. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «варган» (музыкальный инструмент) — но для Русского Севера это экзотика, и диалектная версия убедительнее.

Модель образования проста: прозвище Варга́ня (с уменьшительным суффиксом -ан(я), как Парфаня, Гриданя) → притяжательное прилагательное Варга́нишев (чей? — Варганишев) → фамилия Варганишев. Суффикс -ишев здесь — вариант -ев после мягкого н, характерный для северных и сибирских фамилий. Женская форма Варганишева — естественное окончание.

Особенность фамилии в том, что она обошлась без типичных для центральной России суффиксов -ов/-ев в чистом виде. Форма на -ишев встречается реже и часто указывает на позднюю фиксацию прозвища в документах, когда суффикс уже «нарос» для благозвучия. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в основном у государственных крестьян и мещан Архангельской губернии — сословий, где прозвища были живыми и часто переходили в фамилии без изменений.

Споров вокруг корня почти нет: все версии так или иначе сходятся к «варгану» и «варганить». Тюркская гипотеза (от «варган» — инструмент) слаба, потому что на Севере это слово давно обрусело и породило целое гнездо однокоренных фамилий: Варганов, Варганин, Варганчиков. Варганишева — лишь одна из ветвей этого дерева, причём ветвь с характерной северной огласовкой.

Коротко: предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками с Русского Севера, которых прозвали за шумный нрав или за склонность что-то мастерить «на скорую руку». Фамилия редкая, но прозрачная для того, кто знаком с северными говорами.