Фамилия Вариген — редкий случай в русском ономастиконе. Она не укладывается в привычные модели образования от крестильных имён, профессий или прозвищ. Прежде всего бросается в глаза нетипичный для восточнославянских фамилий суффикс -ен. В русской традиции фамилии на -ен обычно западного происхождения (польского, белорусского, украинского) или искусственные, семинарские.

Наиболее вероятная версия — фамилия образована от прозвища Варяг, которое в древнерусском языке означало скандинавского воина, наёмника или купца. Со временем слово «варяг» могло закрепиться за человеком сурового, воинственного нрава или за тем, кто торговал с иноземцами. Переход Варяг → Вариген объясняется просто: в говорах, где аканье было сильным, безударное «о» звучало как «а», а суффикс -ин (принадлежность) дал форму «Варигин». Дальнейшее искажение — замена суффикса -ин на -ен — могло произойти под влиянием украинской или белорусской фонетики, где «и» и «е» в безударной позиции смешиваются. Таким образом, Вариген — это, скорее всего, фонетический вариант более распространённой фамилии Варигин, что значит «сын Варяга».

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с немецким или французским корнем. В немецком языке есть фамилия Wargen (от Warge — «волк» в значении «изгой»), но в русском написании она обычно сохраняет начальное «Варген», без «и». Французское Varigène могло бы означать «изменчивый род», но такая фамилия во Франции не зафиксирована. Поэтому связь с «варягом» остаётся самой логичной.

Географически фамилия Вариген встречается крайне редко, в основном на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её западнорусское или белорусское происхождение. Носители чаще всего — потомки крестьян или мещан, так как дворянские роды с такой фамилией в исторических списках не значатся.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила архаичную форму, не подвергшуюся позднейшей унификации на -ов/-ев. Это указывает на то, что она могла закрепиться в письменных источниках довольно рано, ещё до того, как суффиксы -ин и -ов стали доминирующими.