Фамилия Вариксоо — яркий пример эстонского происхождения, который в русскоязычной среде часто воспринимается как нечто загадочное из-за своего необычного окончания. На самом деле её структура прозрачна для носителя эстонского языка. Основа «vari» переводится как «тень» или «оттенок», а «ksoo» — это устаревшая или диалектная форма слова «soo», что означает «болото». Таким образом, Вариксоо — это «тенистое болото» или «болото в тени». Фамилия образована по типичной для эстонии модели — от названия местности, хутора или урочища, где проживала семья.

Эстонские фамилии в основной массе закрепились за крестьянами относительно поздно — в первой половине XIX века, после отмены крепостного права и в ходе обязательной паспортизации. До этого у эстонцев часто не было наследственных родовых имён, а использовались прозвища или указания на место жительства. Поэтому Вариксоо, скорее всего, не прозвище отдельного человека, а топонимическая фамилия: предки взяли её по названию своего двора или деревни, расположенной у болота, скрытого в тени леса или холма.

Фонетически фамилия могла претерпеть изменения при записи в русских документах. В оригинале она может звучать с долгим «о» на конце: Вариксоо́, а ударение, вероятно, падает на первый слог (Ва́риксоо) или на последний, в зависимости от региона Эстонии. Встречаются и варианты написания с одной буквой «о» — Вариксо, но это уже результат русификации или упрощения при переезде.

Фамилия не является массовой. Она сконцентрирована в Эстонии и среди потомков эстонских переселенцев, например, в Сибири или на Северо-Западе России, куда эстонцы мигрировали в конце XIX — начале XX века. С точки зрения социального статуса, это фамилия крестьянского сословия, что типично для подавляющего большинства эстонских родовых имён. Никакой связи с дворянством или знатными родами у неё нет — это чистая географическая привязка к ландшафту, которую носила семья, жившая на хуторе у тенистого болота.