Фамилия Варлакова образована от просторечной формы крестильного имени Варлаам. Полное имя имеет сложную этимологию: по одной версии, оно переводится как «сын народа халдейского», по другой — как «сын Божий». В быту длинное имя сокращали и переделывали, и одна из таких обиходных форм — Варлак — и дала начало фамилии.

В православных святцах имя Варлаам встречается нередко. Известно восемь святых с таким именем. Самый почитаемый в русской традиции — преподобный Варлаам Серпуховской, первый настоятель Владычнего монастыря. Согласно житию, он ещё при жизни обладал даром чудотворения, а после смерти его мощи прославились исцелениями от тяжёлых недугов и страстей. Паломничество к ним не прекращается уже более пятисот лет.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную модель русских родовых прозваний: «чей?» — Варлаков, то есть сын или потомок Варлака. Скорее всего, основатель рода принадлежал к крестьянской или рабочей среде — именно в этих сословиях чаще всего закреплялись усечённые разговорные формы имён.

Среди носителей фамилии известен Иван Иванович Варлаков (1789–1830), писатель, служивший в Сибири. Печатался он редко: несколько стихотворений вышли в «Вестнике Европы» и «Енисейском Альманахе». Основную известность ему принесли рукописные сатиры и карикатуры, ходившие по рукам.