Фамилия Варочкин — редкий случай, когда основа слова почти полностью утратила связь с исходным значением в сознании носителей. На первый взгляд, в ней слышится что-то от «варок» или «варева», но лингвистический разбор ведёт в другую сторону.

Ключ к фамилии — суффикс -очк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Он указывает на уменьшительно-ласкательную форму имени или прозвища. Основа Вар- восходит к каноническому имени Варфоломей (от арамейского «сын вспаханной земли»). В народном обиходе это имя сокращали до Варя, Вара, а от них образовывали ласкательные варианты: Варочка, Варок. Фамилия Варочкин — буквально «сын Варочки», то есть потомок человека, которого в семье или в деревне называли ласково уменьшительным именем.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с прозвищем Варочка от глагола «варить» — так могли назвать повара или человека, вечно занятого стряпнёй. Однако против этой гипотезы говорит типичный для русских фамилий суффикс -ин, который крепится к основам на -а/-я. Если бы прозвище звучало как «Варок» (от «варок» — место для варки), фамилия была бы Варочков. А форма Варочкин чётко указывает на имя собственное женского или мужского рода, оканчивающееся на -а.

С географической точки зрения, фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к регионам, где имя Варфоломей было в ходу у крестьянства в XVII–XIX веках. Встречается она редко, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: носители Варочкиных, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, не смешавшихся с массой однофамильцев.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через о (Варочкин) или, под влиянием акающего произношения, как Варочкинъ — написание устойчиво, без вариантов вроде «Ворочкин», что дополнительно подтверждает именную, а не глагольную природу основы.