Фамилия Васекин — один из примеров того, как в русском языке из разговорной, «домашней» формы имени рождалась фамилия. В её основе лежит имя Васека, которое в народе было ласковым или обиходным вариантом крестильного имени Василий. Само имя Василий пришло из греческого языка и означает «царский, царственный». На Руси оно было чрезвычайно распространено: в святцах числится более тридцати святых с этим именем, от мученика Василия Афинянина до прославленного новгородского юродивого Василия Блаженного.

Васекин — фамилия, которая говорит о социальном положении её первого носителя. В XV–XVI веках, когда фамилии только начинали закрепляться, полной формой имени (Василий) чаще называли людей знатных или уважаемых. Простых же людей, крестьян и ремесленников, в быту звали уменьшительными и производными именами — такими, как Васека. Поэтому можно уверенно предположить, что основатель рода Васекиных был выходцем из простого сословия, а не из знати.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я. Васека → Васекин, то есть «сын Васеки» или «человек из семьи Васеки». Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность, и по этой же схеме возникли десятки других фамилий от обиходных имён: Петин, Савин, Федин.

У фамилии есть и менее очевидная версия происхождения. В некоторых говорах «васека» могло быть прозвищем, данным за манеру поведения или внешность, но это предположение не имеет надёжных подтверждений. Основная и наиболее правдоподобная версия — происхождение от имени Васека как производной формы Василия.

Фамилия не относится к числу редких, но и массовой не стала. Встречается она преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её народное, недворянское происхождение.