Фамилия Василиненко — типичный пример украино-белорусской модели образования от крестильного имени. Её основа — производная форма имени Василий (Василь), а суффикс -енко указывает на прямое родство: буквально «сын Василя». В этом её отличие от русских фамилий на -ов (Васильев) — украинский суффикс -енко долгое время сохранял значение «маленький», «потомок», а не просто «принадлежащий».

Имя Василий (от греч. basileus — «царский, царственный») с XV по XIX век занимало второе место по частоте после Ивана. Поэтому фамилий, образованных от его производных, множество: Василенко, Васильченко, Васеленко. Василиненко выделяется редким суффиксом -иненко, который встречается реже, чем стандартные -енко или -ченко. Этот вариант мог закрепиться в определённой местности или в одной ветви рода, чтобы отличаться от однофамильцев.

По географии фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу Беларуси. В России она чаще встречается в приграничных с Украиной регионах (Курская, Белгородская области), куда переселялись крестьяне в XVIII–XIX веках. Сословно носители фамилии — почти исключительно крестьяне и казаки: -енко в украинской среде было массовым способом образования фамилий у непривилегированных слоёв.

Споров по этимологии нет: корень прозрачный, а суффикс однозначно указывает на патроним. Единственная деталь, которую стоит учесть: в некоторых говорах форма «Василиненко» могла возникнуть как вторичное образование от фамилии Василина (женское имя или прозвище по матери) с добавлением -енко, но это менее вероятно — основная масса украинских фамилий на -енко всё же мужские по происхождению.