Фамилия Василисин — одна из тех, что образована от полного церковного имени, а не от его народной или уменьшительной формы. В основе лежит мужское крестильное имя Василий (от греческого «басилейос» — царский, царственный). Но в данном случае исходным стало не само имя, а женское имя Василиса (женская форма от Василий, означающая «царица»). Фамилия Василисин буквально значит «чей?» — «принадлежащий Василисе», то есть сын, внук или потомок женщины по имени Василиса.

Суффикс -ин указывает на древнейшую модель русских фамилий, которая закрепилась за основами, оканчивающимися на -а или -я. Это типичный «матроним» — фамилия, образованная от имени матери. В русской традиции такие случаи встречаются реже, чем отчества от отца, но они хорошо известны: если женщина была вдовой, главой семьи или просто её имя было более употребительным в округе, дети могли получить прозвание по ней. Фамилия Василисин могла возникнуть в семье, где мать звали Василисой, и это имя закрепилось за всем родом.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, где дольше сохранялись архаичные формы именования. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) матронимы на -ин выделяются как редкая, но устойчивая группа, и Василисин — характерный её представитель. Другие однокоренные фамилии — Васильев, Васильевский, Василичев — образованы уже от мужского имени, что делает Василисин заметным исключением.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Васили́син. Встречается и вариант с ударением на первый слог, но он менее распространён. Говорить о каком-либо сословном происхождении здесь сложно: фамилия могла появиться и у крестьян, и у мещан, поскольку имя Василиса было распространено во всех слоях общества.