Фамилия Василис — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия может скрывать совсем не русское происхождение. Если не вглядываться, её легко принять за вариант отчества от имени Василий с суффиксом -ис (по аналогии с фамилиями вроде Денис или Борис). Но в русской ономастике суффикс -ис не является фамильным: в России фамилии на -ис почти не встречаются в старых крестьянских и дворянских родах. Исключение — единичные случаи искусственного происхождения, например, в среде духовенства, где фамилии придумывали на греческий лад.

Намного вероятнее, что Василис — это фамилия греческого происхождения. В Греции фамилия Василис (Βασιλής) распространена и образована напрямую от личного имени Василис, которое является формой имени Василий — «царский», «царственный». В греческой среде такие фамилии часто не имели дополнительных суффиксов и передавались в неизменном виде. Попасть в Россию она могла вместе с греческими переселенцами, торговцами или священниками, особенно в XIX веке, когда греческие общины активно селились в южных губерниях — в Одессе, Таганроге, Мариуполе, а также в Крыму.

Если же предположить, что фамилия всё-таки русская, то её могли образовать от прозвища Василиса — женского имени, которое в диалектах иногда давали мужчинам с женоподобными чертами или тем, кто воспитывался в окружении женщин. Но эта версия слабее: в русских говорах фамилии от женских имён редки и обычно имеют суффикс -ин (Василисин), а не нулевой.

Таким образом, человек с фамилией Василис с высокой вероятностью имеет греческие корни. Его предки, скорее всего, носили эту фамилию как родовое имя ещё на родине, а в России она закрепилась без изменений. Встречается она нечасто, и в современных российских справочниках её относят к числу редких греческих фамилий, адаптированных к русскому звучанию.