Фамилия Василькоти — редкая и нестандартная для русского слуха. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, а окончание -и сразу наводит на мысль о западном, скорее всего итальянском или греческом, происхождении. В русском языке фамилии на -и встречаются в основном у потомков греков, итальянцев или молдаван. Однако основа «Васильк-» — явно славянская, производная от имени Василий (в уменьшительной форме Василько). Получается гибрид: славянское имя, обработанное по иноязычной модели.

Скорее всего, фамилия образована не на русской почве, а в среде, где русские или украинские фамилии адаптировали под местную грамматику. Самый вероятный сценарий — это греческая фамилия. В греческом языке фамилии часто заканчиваются на -и (например, Пападимитриу, Хараламби), и при записи русских фамилий греками или при переселении греков в Россию имя Василько могло получить такое окончание. Другая версия — итальянская: суффикс -otti (в русской передаче -оти) характерен для северной Италии, но сочетание «Васильк-» для Италии совершенно нехарактерно, поэтому эта гипотеза слабая.

По сути, фамилия означает «потомок маленького Василия» (Василько — ласкательная форма). Если принять греческую версию, то носители фамилии могли быть выходцами из греческих общин Причерноморья или Приазовья, где в XIX веке жило много греков-переселенцев. В таких семьях часто давали детям русские имена, а фамилию записывали на местный манер. Фамилия очень редкая, в современных базах данных встречается буквально единичными случаями — в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает греческий след.