Фамилия Василягин образована от мужского крестильного имени Василий. В переводе с греческого оно означает «царский, царственный». В основу фамилии легла производная, уменьшительно-ласкательная форма этого имени — Василяга. По частоте употребления с XV по XIX век имя Василий занимало второе место после Ивана, поэтому неудивительно, что его производные породили множество фамилий.

В словообразовательной цепочке Василягин — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Василяги. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я. Такую модель называют «матронимической» по форме, но в данном случае она указывает на отца: потомок человека, которого в быту звали Василягой, со временем получил фамилию Василягин.

Интересно, что суффикс -яг(а) в народных формах имени (Василяга, Миляга, Костяга) встречается нечасто. В отличие от более распространённых -к(а) (Васька) или -ш(а) (Васяша), он придаёт имени оттенок фамильярности, но без пренебрежения. По говорам такая модель тяготеет к северным и центральным областям России.

Родственные фамилии того же корня — Васильев, Васин, Васькин, Васильчиков. Василягин стоит особняком: её основа с «ля» вместо «ль» (Василий → Василяга) могла возникнуть под влиянием местного произношения, где мягкое «л» переходило в «ль» с последующей палатализацией. В письменных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её узкорегиональном бытовании — скорее всего, в среде крестьян или однодворцев южнорусских губерний.