Фамилия Ватажицын — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от имени или профессии напрямую, а от прозвища с суффиксом -ица. Основа здесь — слово «ватага», которое в древнерусском языке означало «дружная толпа, шайка, артель». От него образовали прозвище Ватажица. Суффикс -ица в русских прозвищах часто указывал на принадлежность к группе или на характерный признак: Ватажица — это «человек из ватаги» или «тот, кто при ватаге».

Значение самого слова «ватага» неоднозначно. В большинстве диалектов это «артель», «товарищество», особенно у промысловиков или бурлаков. Поэтому прозвище Ватажица мог получить как рядовой член такой артели, так и её атаман, старшина. В народных песнях встречается образ: «Ватаг молодой на коне вороном» — то есть предводитель. Но в курских говорах у слова «ватага» было и другое значение: «стадо овец, телят, мелкого скота, отара». Отсюда вторая, не менее правдоподобная версия: основатель рода Ватажицыных мог быть пастухом, который пас отару.

Фамилия оформлена по патронимической модели: от прозвища Ватажица с помощью суффикса -ын (в современном написании -ин) — Ватажицын. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ватажицын, то есть сын или потомок Ватажицы. Такая модель типична для северных и центральных областей России, но сама фамилия крайне редкая: ни в одном из доступных ономастических словарей она не упоминается, что говорит о её узколокальном бытовании, возможно, в Курской или соседних губерниях.

Таким образом, носитель фамилии Ватажицын — потомок человека, которого в округе знали как Ватажицу: либо участника артели, либо её главаря, либо пастуха, пасшего отару. Какая из версий верна — без генеалогических изысканий не установить, но обе укладываются в логику русских прозвищ XV–XVII веков.