Фамилия Ватовский — одна из тех, чью основу нужно искать не в словаре русских фамилий, а в географии и польской ономастике. Суффикс -ский (в польском варианте -ski) прямо указывает на шляхетское или, реже, мещанское происхождение фамилии на территории Речи Посполитой. В России такие фамилии чаще всего получали выходцы из польских, белорусских или украинских земель, перешедшие на русскую службу или переселившиеся в центральные губернии после разделов Польши.

Корень «Ват-» может восходить к нескольким источникам. Наиболее вероятная версия — топонимическая: от названия населённого пункта Ватово или Ватова. Такие названия встречаются в Польше (например, село Watowo в Великопольском воеводстве) и в Беларуси. В таком случае фамилия Ватовский означает «тот, кто родом из Ватова» — типичная модель для польской шляхты, бравшей фамилию по месту владения или проживания.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с древнепольским словом «wat» или «wata» — в старопольском языке это могло означать «вата» (толчёный лён или хлопок для набивки). Тогда Ватовский — потомок ремесленника, занимавшегося изготовлением или продажей ваты (например, ватника, который набивал одеяла и тёплую одежду). Однако топонимическая версия выглядит правдоподобнее: фамилии на -ский редко образовывали от названий профессий, для этого использовали суффиксы -ов, -ев, -ин.

В русском контексте фамилия Ватовский могла писаться и как Ватовской (с ударением на последний слог) — это более старая форма, встречавшаяся в документах XVIII-XIX веков. Со временем написание унифицировалось по польскому образцу. Носители фамилии, судя по архивным данным, встречаются в основном в западных губерниях Российской империи — Могилёвской, Витебской, Гродненской, а также среди потомков польской шляхты, переселившихся на Волынь и в Подолье.

Фамилия не относится к массовым и не имеет очевидной связи с русским словом «вата» (в значении «хлопковая вата») — это случайное фонетическое совпадение. В польском языке слово «wata» заимствовано из немецкого, но фамилии от него образовывали редко и обычно с суффиксом -owicz (Ватович), а не -ski. Поэтому самый надёжный ответ для человека, ищущего свои корни: предки Ватовского, скорее всего, были мелкими шляхтичами или зажиточными крестьянами из местечка Ватово на территории современной Польши или Беларуси.