Фамилия Ватюковский — редкий пример фамилии, в которой топонимический суффикс -ский наложился на неочевидную основу. В отличие от массовых дворянских фамилий на -ский (типа Волконский или Трубецкой), здесь этот суффикс, скорее всего, указывает не на княжеский удел, а на географическое происхождение рядового человека: «выходец из Ватюково» или «из Ватюков». Иными словами, предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим деревней Ватюково, либо, что вероятнее, крестьянином или однодворцем, переселившимся из такого села.

Основа фамилии — топоним Ватюково. Такие названия в России нередко образованы от прозвищного имени Ватюк. Это имя, в свою очередь, может быть вариантом канонического Ват (от Ват, Ватута — уменьшительные от Ватиан, Ватоломей, или просторечной формы от Вадим). В русских говорах слово «ватюка» или «ватуха» могло означать вялого, медлительного человека, а в некоторых регионах — бродягу или неряху. Не исключено и диалектное «вать» — валенок или что-то валяное, но для прозвища это менее характерно.

География фамилии очень показательна. Ватюковские встречаются почти исключительно в западных областях России — в Смоленской, Брянской, Псковской, а также в Беларуси. Это зона бытования фамилий на -ский, которые в XVII–XVIII веках активно получали не только дворяне, но и крестьяне, особенно после переписей, когда требовалось зафиксировать место выхода семьи. Если бы фамилия была образована от прозвища напрямую (через суффикс -ов), она звучала бы как Ватюков — такая фамилия тоже существует, но встречается реже и имеет иной ареал.

В ономастических словарях Ватюковский не упоминается как широко распространённая, что говорит о её локальном характере. Сравнение с однокоренными фамилиями (Ватюков, Ватюхин, Ватюшин) показывает, что все они восходят к одному гнезду прозвищ, но именно форма с -ский выдает человека, чьи предки были привязаны к конкретному месту, а не просто к личному имени. Таким образом, Ватюковский — это фамилия-маркер: по ней можно примерно определить, откуда родом семья, даже если точное село Ватюково уже не найти на карте.