Фамилия Вавганов — редкая, и её разговорный, почти грубоватый звуковой облик сразу выдаёт прозвищное происхождение. В основе лежит не крестильное имя, а, скорее всего, прозвище Вавган, которое могло относиться к человеку с некой особенностью поведения или внешности. Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии: Вавганов — это «сын Вавгана» или «из семьи Вавгана».

Ключ к разгадке — диалектное слово «вавга». В северных и сибирских говорах так называли вялого, медлительного человека, разиню или простофилю. В некоторых областях «вавгать» означало «бредить, говорить бессвязно», а «вавгала» — заика или косноязычный. Таким образом, прозвище Вавган мог получить либо флегматичный, неторопливый человек, либо тот, кто говорил невнятно или путано.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В татарском и башкирском языках «вав» (вав) — название буквы арабского алфавита, а «вавган» могло быть прозвищем грамотея или человека, имевшего дело с письмом. Однако для этой гипотезы мало оснований: фамилия нехарактерна для тюркских народов, а распространение её в русской среде говорит в пользу исконно славянской диалектной основы.

Фамилия Вавганов встречается крайне редко, в основном в центральных областях России и на Урале. Она не относится к дворянским или купеческим родам — её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу. В дореволюционных переписях эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или о малом числе носителей. Сегодня она остаётся одной из тех фамилий, которые несут в себе отпечаток живой народной речи, почти исчезнувшей из повседневного обихода.