Фамилия Вайткевичюс — это не самостоятельное образование, а адаптированный балтийский вариант фамилии Войткевичюс (или Войткевич). В её основе лежит прозвище Войт, которое восходит к немецкому слову «Vogt» — управляющий, наместник. В старину в Польше, на Украине и в западных русских землях войтом называли выборного сельского старосту, городского чиновника или начальника. Так что прозвище указывает на род занятий предка: он был лицом административным, облечённым властью на своей территории.

Фамилия прошла через две словообразовательные модели. Сначала к основе Войт- добавили польский патронимический суффикс -евич, который указывал на происхождение по отцу: «сын Войта». Так появилась фамилия Войткевич. Затем, когда предки носителя фамилии — поляки по происхождению — оказались на территории Литвы или Латвии, местное население адаптировало фамилию под своё произношение и грамматику. Балтийские языки добавили окончание -юс (литовский фамильный суффикс), и Войткевич превратился в Вайткевичюс. Замена «о» на «а» — тоже следствие литовской фонетики.

Таким образом, Вайткевичюс — это гибридная форма, в которой польская патронимическая основа соединилась с балтийским фамильным оформлением. Носитель фамилии вряд ли был литовцем по крови, но его предки долго жили среди литовцев или латышей, и фамилия «обрусела» по-прибалтийски.