Фамилия Векшины образована от личного прозвища Векша. В основе лежит слово «векша» с несколькими значениями: «белка», «каток в колодке» или «блок ткацкого станка», а в олонецких говорах так называли сороку. Скорее всего, прозвище указывало на профессию: Векшей могли прозвать охотника на белок, продавца беличьих шкурок или мастера, изготавливающего векши-колодки для ткацкого станка. Однако не исключено, что прозвище дали за характер — проворному, как белка, человеку или, наоборот, болтуну и сплетнику (по ассоциации с сорокой). Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Векшин, то есть сын или потомок Векши.

Исторические примеры из работ С. Веселовского подтверждают древность основы: Филат Векша, крестьянин, 1498 год, Новгород; князь Дмитрий Львович Векошка Зубатый-Ярославский, середина XV века; Иван Векшин, холоп, 1545 год, Тверь. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от крестьян и холопов до князей. География упоминаний (Новгород, Тверь, Ярославль) указывает на северо-западное происхождение фамилии, что согласуется с олонецким диалектным значением «сорока».

Фамилия Векшин — не единственная в этом гнезде. Однокоренные Векшегонов, Векшенков, Векшины, Векшинский могли появиться в разных регионах независимо друг от друга, но все они восходят к той же основе. Точное место и время возникновения фамилии Векшин установить сложно — процесс формирования фамилий был длительным и шёл параллельно в разных землях. Тем не менее, фамилия сохраняет связь с древними промыслами и народными прозвищами, что делает её ценным памятником русской ономастики.