Фамилия Векшина образована от прозвища Векша. В древнерусском языке слово «векша» имело несколько значений: основное — «белка», но также так называли каток в колодке, блок ткацкого станка, а в олонецких говорах — сороку. Чаще всего прозвище указывало на род занятий: Векшей могли назвать охотника на белок, продавца беличьих шкурок или мастера, делавшего векши-колодки для ткацких станов. Но не исключено, что прозвище дали за внешность или характер: так могли окликнуть проворного, юркого человека (сравнение с белкой) либо, наоборот, болтуна и сплетника (по значению «сорока»).

Исторические документы подтверждают древность этого прозвища. В трудах С. Б. Веселовского упоминаются: Филат Векша, крестьянин, 1498 год, Новгород; князь Дмитрий Львович Векошка Зубатого-Ярославский, середина XV века; Иван Векшина, холоп, 1545 год, Тверь. Как видно, прозвище бытовало в разных слоях общества — от крестьян до князей, а фамилия в форме Векшина закрепилась за потомками человека по прозвищу Векша.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Векшин, то есть сын или потомок Векши. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия Векшина — женская форма, распространённая в тех же родах, что и мужская Векшин.