Фамилия Велес — редкий случай, когда в основе фамилии лежит имя языческого божества. В славянской мифологии Велес — «скотий бог», покровитель скотоводства, богатства, торговли, а также проводник в загробный мир. Однако прямое происхождение от имени бога — лишь самая заметная, но не единственная версия.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. В русской фамильной системе суффиксы -ов, -ин, -ский указывают на принадлежность («чей?»). Фамилия же Велес — «чистая» основа, без патронимического суффикса. Такая форма характерна для украинской, белорусской и польской традиций (сравните: Гоголь, Шевченко, Сковорода), а также для фамилий, образованных от прозвищ, которые не переделывали в притяжательную форму. Поэтому носитель фамилии Велес с высокой вероятностью происходит из западнорусских или малороссийских земель, где такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

Вторая, более приземлённая версия — прозвище. В диалектах слово «велес» или «велесень» могло означать великана, силача или, наоборот, неуклюжего человека. В некоторых говорах «велес» — это вожак, старший в общине. Если предок получил такое прозвище за рост, силу или властный нрав, фамилия закрепилась за ним напрямую, без добавления суффикса.

Третья гипотеза — связь с топонимом. В Польше есть несколько населённых пунктов с названием Велес (например, Велес в Лодзинском воеводстве). Фамилия могла возникнуть как прозвище выходца оттуда: «он из Велеса» — и со временем превратилась в фамилию.

Спор о происхождении фамилии Велес — это спор между мифологией и бытовой ономастикой. Прямое именование в честь языческого бога в христианской Руси маловероятно: церковь боролась с пережитками, и называть ребёнка Велесом было бы вызовом. Но прозвище, данное взрослому за сходство с божеством (например, за богатство или власть), — вполне реальный сценарий. Известные носители фамилии встречаются в основном в западных областях Украины и в Польше, что подтверждает западнославянскую модель образования.